A Naruto világának országai önálló, elszigetelt politikai egységek, melyeket földesurak irányítanak. Az egyes országokon belül rejtett falvak, más néven kakuredzatók (隠れ) találhatóak, olyan települések melyeket nindzsák lakják. Ezeknek a nindzsáknak a legtöbbje természetfeletti erőkkel is rendelkezik. A rejtett falvak azzal járulnak hozzá országuk gazdaságához, hogy nindzsákat képeznek ki, akik később küldetéseket végeznek más országok megbízására. Ezek a kiképzett nindzsák egyúttal az anyaország katonai erejeként is szolgálnak. A rejtett falvak vezetője egyenlő hatalommal rendelkezik a képviselt ország vezetőjével. A Naruto világának öt legerősebb országa, a Föld, a Tűz, a Víz és a Villámok és a Szél országa „az öt nagy sinobi nemzet” néven is ismert. Az egyes országokat egy feudális hadúr vezeti, a rejtett falak vezetői pedig a kage címet viselik. Az öt nagy nemzeten kívül a manga- és animesorozatban további, kisebb országok nevei is felbukkantak.

A Naruto számos szereplőinek legtöbbje azért küzd, hogy egyszer kiváló nindzsa váljék belőle. A Nindzsa Akadémia elvégzése után, a sorozat kezdetekor, a végzős diákokat akik megkapják a nindzsaújonc, a genin rangot, három fős csapatokra osztják. Minden csapatot egy sokat tapasztalt nindzsa vezet. Ezek a csapatok meghatározóak a szereplők későbbi kapcsolatai és kalandjai szempontjából. A csapatokat erősségeik alapján választják ki az egyes küldetésekre; a főhős, Udzumaki Naruto ezen apró világát a 7-es Csapat jelenti: két csapattársa, Sasuke és Sakura, valamint a csapat vezetője, Hatake Kakasi. Egykori osztálytársai már Naruto egy másik kapcsolati köréhez tartoznak, de az ő céljaikkal, erősségeikkel és gyengeségeikkel is megismerkedik és azok rá is hatással vannak. A három fős csapatok nem csak Naruto korosztályára jellemzőek, a sorozatban feltűnő csoportok létszáma szintén gyakran három, vagy annak szorzata.