A sorozat f�h�se Udzumaki Naruto, egy fiatal fi�, akinek test�ben a rettegett Kilencfark� r�kad�mon raboskodik. Tizenk�t �vvel a t�rt�net kezdete el�tt a r�ka megt�madta Konohagakure nindzs�k lakta faluj�t �s sz�mos �letet kioltott. A falu vezet�je, a negyedik hokage saj�t �let�t fel�ldozva �ll�totta meg a besti�t, amit az �jsz�l�tt Naruto test�be z�rt. A fi�t emiatt a falusiak kik�z�s�tett�k, mintha csak � maga lenne a d�monr�ka. A harmadik hokage ugyan megtiltotta, hogy b�rki is besz�ljen a r�ka t�mad�s�r�l, de Naruto hamarosan ennek ellen�re is tudom�st szerez a t�rt�ntekr�l. �vekkel k�s�bb, miut�n Naruto sikeresen elv�gezi a Nindzsa Akad�mi�t k�l�nleges �rny�kkl� technik�j�t alkalmazva, amit egy tiltott tekercsr�l saj�t�tott el. A tekercset Naruto k�nytelen volt ellopni, hogy megmentse tan�r�t, Umino Iruk�t a reneg�t nindzs�t�l, Mizukit�l. A kaland sor�n Naruto k�t dologra �bredt r�: az egyik, hogy a r�kad�mon benne lakozik; a m�sik pedig, hogy a hokag�n k�v�l m�s is t�r�d�tt vele.

A t�rt�net Naruto �s bar�tai fejl�d�s�t k�veti nyomon, ahogyan nindzsa tud�sukat fejlesztik, egym�ssal val� kapcsolatuk alakul�s�t �s azt, hogy m�ltjuk hogyan befoly�solja sorsukat �s szem�lyis�g�k fejl�d�s�t. Naruto k�t fiatal nindzs�ban, Ucsiha Szaszuk�ben �s Haruno Szakur�ban tal�l bar�tra �s t�rsra, mikor egy h�romf�s nindzsa csapatba ker�l Hatake Kakasi fel�gyelete al�. Kalandjaik sor�n megismerik a k�rnyez� falvakat �s azok harcosait is. Egyre szorosabb sz�lak f�zik �ket egym�shoz, k�pess�gekre �s technik�kra is szert tesznek �s szembes�lnek a kamaszkor neh�zs�geivel �s kih�v�saival is, mik�zben Naruto az �lm�t k�vetve az�rt k�zd, hogy egyszer Konoha hokag�ja v�lj�k bel�le. A sorozat cselekm�ny�nek k�zpontj�ban el�sz�r Naruto, Szaszuke �s Szakura, a 7-es Csapat tagjai �llnak, majd k�s�bb Orocsimaru, Konoha egyik leghal�losabb ellenfele is egyre jelent�sebb szerephez jut, miut�n megt�madja a falut �s meg�li annak vezet�j�t. A harmadik hokage hal�la miatt Dzsiraija, a h�rom legend�s nindzsa egyike arra k�nyszer�l, hogy felkutassa egykori csapatt�rs�t, Cunad�t, hogy az bet�lthesse a meg�resedett poz�ci�t. �tja sor�n felfedezi, hogy Orocsimaru Ucsiha Szaszuk�ra is ki akarja vetni h�l�j�t annak k�l�nleges genetikai �r�ks�ge miatt. Szaszuke, aki �gy hiszi Orocsimaru meg tudja sz�m�ra adni azt az er�t, amire sz�ks�ge van hogy v�gezzen b�tyj�val, Ucsiha Itacsival, akit egyszem�lyben tart felel�snek kl�nja lem�sz�rl�s��rt, �tp�rtol a falu esk�dt ellens�g�hez. Naruto azonban m�g ezut�n sem hajland� lemondani bar�tj�r�l �s k�t �s f�l �ven �t tart� edz�sbe kezd, hogy felk�sz�lj�n k�vetkez� tal�lkoz�sukra.

Hamarosan felt�nik egy titokzatos b�nszervezet is, mely mag�t Akacukinak nevezi, �s az a c�lja, hogy �sszegy�jtse mind a kilenc hatalmas er�vel b�r� farkas besti�t, k�zt�k a Naruto test�be z�rt Kilencfark� r�kad�mont is. Konoha t�bb nindzs�ja, k�zt�k a 7-es Csapat is felveszi a harcot a szervezettel, �s k�s�rletet tesznek Szaszuke felkutat�s�ra is. Szaszuke ek�zben elp�rtol Orocsimarut�l �s szembesz�ll Itacsival. B�r �sszecsap�suk k�zben Itacsi �let�t veszti, Szaszuke bossz�ja m�gsem teljes�l be, mivel az Akacuki egyik tagj�t�l, Ucsiha Madar�t�l megtudja, hogy b�tyj�t Konoha vezet�se utas�totta a kl�n kiirt�s�ra. A felismer�s f�jdalm�t�l �s haragt�l vez�relve Szaszuke �sszefog az Akacukival, hogy elpuszt�tsa Konohagakur�t. Mindek�zben az Akacuki t�bb tagja is elesik a Konoha nindzs�ival v�vott harcok sor�n. A szervezet vezet�je, Pain t�mad�st szervez a falu ellen azzal a c�llal, hogy elrabolja Narutot.